El 1^o de septiembre de 1939 Alemania atacó a Polonia, desencadenando la Segunda Guerra Mundial. Los aliados de Polonia, Gran Bretaña y Francia, inmediatamente declararon la guerra a Alemania. A pesar de ello, Polonia cayó en pocas semanas en poder de los nazis, y su capital, Varsovia, capituló el 28 de septiembre.
Un Gobierno Polaco en el Exilio se estableció inmediatamente en Francia (el cual se trasladó a Londres cuando Francia, a su vez, fue derrotada por el ejército alemán a mediados de 1940). Este gobierno, representado en Polonia en forma clandestina por la Delegatura y el Consejo Nacional Polaco, continuó combatiendo a Alemania durante todo el transcurso de la Segunda Guerra Mundial.
De acuerdo a los términos del Pacto Nazi-Soviético, firmado en agosto de 1939, Alemania y la Unión Soviética se dividieron el territorio polaco recién conquistado: el tercio occidental, en el que vivían 600.000 judíos, fue anexado al Reich; la Unión Soviética anexó el tercio oriental a sus repúblicas de Bielorrusia y de Ucrania, agregando 1.200.000 judíos a su población; el tercio central fue puesto bajo el control de una administración civil alemana, denominada Generalgouvernement. Dentro de esta última jurisdicción vivían aproximadamente 1.500.000 judíos.
El plan nazi era utilizar a Polonia como Lebensraum (“espacio vital”) para los alemanes. Para lograrlo debían primero destruir la sociedad y el pueblo polacos. Cerca de dos millones de polacos descendientes de alemanes recibieron privilegios especiales, mientras que el resto de la población fue víctima de una despiadada represión. Muchos polacos fueron desplazados para hacer lugar a alemanes étnicos (Volksdeutsche); los líderes del pueblo polaco y los activistas de la resistencia fueron asesinados, a menudo en campos nazis. Existió en Polonia una importante resistencia que se convirtió en un Estado clandestino que mantenía contacto con el gobierno polaco en el exilio. Las dos organizaciones de resistencia armada fueron el Ejército de la Patria y la Guardia Popular.
El hecho más significativo de la historia del judaísmo polaco bajo los nazis lo constituye la idea de la “Solución Final”. La historia de cada comunidad debe ser vista en dos períodos bien diferenciados – antes y después del comienzo de las matanzas. Desde el principio de la ocupación alemana, los judíos sufrieron durante dos meses, una ola de asesinatos indiscriminados. Cuando los alemanes y los soviéticos se dividieron Polonia, alrededor de 300.000 judíos huyeron de la zona alemana a la soviética; entre 1,8 y 2 millones quedaron bajo el dominio alemán.
Entre las primeras medidas antijudías oficiales en Polonia se encuentra la dictada por el jefe de la Gestapo Reinhard Heydrich el 21 de septiembre de 1939, que exigía que los judíos residentes en las zonas anexadas al Reich fuesen expulsados al Generalgouvernement y concentrados en grandes ciudades, cerca de los principales cruces ferroviarios, y que se establecieran Judenräte . A fines del otoño el gobernador del Generalgouvernement, Hans Frank, decretó que dentro de su jurisdicción todos los judíos mayores de 10 años debían utilizar un brazalete blanco con una Estrella de David azul como distintivo judío. En octubre decretó que todos los varones judíos de determinada edad podían ser reclutados para trabajos forzados. Además, los nazis comenzaron a requisar y liquidar empresas de judíos, con la excepción de los pequeños comercios. Los judíos sólo podían poseer reducidas sumas de dinero, lo que hacía muy difícil toda compra o venta. En enero de 1940 se les prohibió utilizar los trenes, excepto con un permiso especial, y se les ordenó registrar sus propiedades ante las autoridades. Muchos judíos fueron atacados, arrestados al azar y obligados a realizar diversos trabajos, y despojados de sus bienes.
El primer gueto polaco fue establecido en octubre de 1939 en Piotrkow Trybunalski. El primer gueto grande, en la ciudad de Lodz, fue establecido en febrero de 1940 y aislado del mundo exterior en mayo de ese año. Se crearon guetos en Varsovia (noviembre de 1940), en Lublín y Cracovia (marzo de 1941) y en la región de Zaglembie en 1942 y 1943, cuando ya había comenzado el exterminio masivo de judíos.
En algunos guetos los reclusos tenían la posibilidad de salir, lo que les permitía ingresar alimentos y suministros de contrabando. Otros guetos estaban herméticamente aislados, sin que nadie pudiera entrar o salir, y sus prisioneros sometidos al hambre y las epidemias. A pesar de ello, los judíos de todos los guetos estaban decididos a sobrevivir. Los Judenräte y las organizaciones comunitarias judías hicieron grandes esfuerzos para obtener y distribuir alimentos y medicamentos, proveer alguna clase de educación a los niños, y realizar actividades culturales para todos. El Żegota (Consejo Polaco para Asistencia a Judíos), la Organización Judía de Autoayuda, los movimientos juveniles y las organizaciones políticas clandestinas lucharon para ayudar a los judíos a sobrevivir tanto física como psicológicamente.
En junio de 1941 Alemania atacó a su aliado, la Unión Soviética, e inició una invasión masiva a su territorio. Los nazis crearon un nuevo distrito territorial denominado Bialystok, similar al de las zonas polacas que habían sido anteriormente incorporadas al Reich. Otras regiones soviéticas tomadas por Alemania pasaron a formar parte de las administraciones del Reichskommissariat Ukraine y del Reichskommissariat Ostland. Unidades móviles alemanas de matanza, denominadas Einsatzgruppen, comenzaron inmediatamente el exterminio masivo de los judíos que vivían en las áreas recientemente conquistadas.
Pocos meses después de comenzada la masacre en la Unión Soviética, los nazis lanzaron una campaña de exterminio masivo también en Polonia. El primero de seis campos de exterminio en suelo polaco, Chelmno, fue establecido el 7 de diciembre de 1941. Durante la primavera de 1942 comenzaron a funcionar otros tres campos de exterminio, Sobibor, Belzec y Treblinka, como parte de la Aktion Reinhard, el plan para eliminar a todos los judíos en el Generalgouvernement. Los campos de concentración de Auschwitz y Majdanek fueron ampliados para funcionar también como centros de exterminio. Los judíos confinados en guetos eran ahora enviados a la muerte en esos campos. La liquidación de guetos en el Generalgouvernement continuó durante todo el año 1943, y para el verano de 1944 sólo quedaba en pie el gueto de Lodz.
Los alemanes no mataron inmediatamente a todos los judíos, porque querían explotar su trabajo esclavizado para su economía de guerra. A comienzos de 1943 alrededor de 250.000 judíos eran mantenidos aún como obreros forzados en el Generalgouvernement. Pero la matanza continuó, y para fines de 1944, cuando el jefe de las SS, Heinrich Himmler, ordenó interrumpir los asesinatos en Auschwitz, sólo quedaban algunas decenas de miles de judíos.
Aproximadamente 3 millones de personas, casi el 90% del judaísmo polaco, fueron asesinadas por los nazis. También murieron durante la guerra cerca de un millón y medio de polacos no-judíos, soldados y civiles.