Ciudad y puerto importantes en Macedonia, en el noreste de Grecia continental. Los alemanes invadieron Grecia en abril de 1941 y el 9 de ese mes conquistaron Salónica; en ese momento había 50.000 judíos en la ciudad. En el lapso de una semana los nazis arrestaron a los líderes comunitarios judíos, confiscaron viviendas, clausuraron periódicos y se apropiaron del hospital judío para que fuera utilizado por las tropas alemanas. Durante abril y mayo, el Einsatzstab Rosenberg, una organización establecida para el robo sistemático de obras artísticas y culturales pertenecientes a judíos europeos, saqueó metódicamente las bibliotecas judías y los tesoros culturales de Salónica. La mayoría de esos objetos fueron enviados a Frankfurt, donde los nazis estaban montando una biblioteca de investigación judía.
Durante los 14 meses siguientes, los nazis no ordenaron ninguna medida específicamente antijudía. Pero en el extremadamente duro invierno de 1941-1942, la comunidad judía de Salónica sufrió de hambre y más de 600 judíos murieron a causa del frío y las enfermedades. Además, los judíos de Salónica no estaban preparados para lo que vendría.
El 11 de julio de 1942, 9.000 varones judíos de 18 a 45 años de edad fueron forzados a congregarse en la Plaza Libertad (Plateia Eleftheria), la principal de la ciudad. Alrededor de 2.000 fueron enviados a realizar trabajos forzados para el ejército alemán. Hasta octubre de ese año, 250 habían muerto. El resto de los hombres fue devuelto a sus casas a cambio de un rescate entregado al Dr. Maximilian Merton, asesor de la administración militar alemana en Macedonia. Las comunidades judías de Salónica y Atenas pagaron una parte del rescate; el resto provino de la transferencia del cementerio judío de Salónica (de 500 años de antigüedad) a la municipalidad de la ciudad, que utilizó las lápidas como material de construcción. Posteriormente se construiría una universidad sobre las ruinas del cementerio.
En diciembre de 1942 se estableció un Judenrat. El Dr. Zvi Koretz, Gran Rabino de Salónica, fue designado presidente del mismo y representó a la comunidad en las negociaciones con Dieter Wisliceny y Alois Brunner, los oficiales de las SS enviados por Adolf Eichmann en febrero de 1943 para supervisar la deportación de los judíos de Salónica. Los investigadores disienten en la evaluación de su desempeño como presidente del Judenrat.
A partir del 8 de febrero de 1943, Merton difundió diversos decretos que ponían en vigencia las Leyes de Nuremberg. Los judíos fueron confinados en un gueto en el barrio Barón Hirsch de la ciudad, situado cerca de la estación ferroviaria, como etapa previa a la deportación. Entre el 20 de marzo y el 18 de agosto de 1943 llegaron a Auschwitz-Birkenau alrededor de 20 transportes con 43.850 judíos de Salónica y la mayoría fue inmediatamente gaseada. De los 1.200 que sobrevivieron las primeras selecciones, la mayor parte murió posteriormente. Algunas de las mujeres fueron utilizadas como conejillos de Indias en experimentos médicos pseudo-científicos de esterilización. El rabino Koretz, el Judenrat y la policía judía fueron llevados en agosto a Bergen-Belsen.
Algunos judíos de Salónica se salvaron: los que poseían pasaportes españoles, italianos, turcos o de otras nacionalidades; 367 personas que recibieron la ciudadanía española y llegaron a España vía Bergen-Belsen; y los pocos centenares ayudados por el gobierno de Italia a escapar al territorio bajo su ocupación o que recibieron ciudadanía italiana, lo cual generó un conflicto entre los italianos y sus aliados alemanes. Además, algunos judíos de Salónica lograron llegar a Éretz Israel (Palestina) con la ayuda de partisanos.
Centenares de judíos de Salónica sobrevivieron los campos de exterminio y de trabajo. Después de la guerra muchos de ellos retornaron a la ciudad junto con quienes se habían ocultado en las montañas y los que se habían unido a los partisanos. En 1945 había 1.950 judíos en Salónica. Durante la guerra civil griega en los años siguientes, muchos de ellos, atacados como “comunistas”, emigraron a Israel, Estados Unidos y Sudamérica.