С момента вторжения Германии на территорию Советского Союза началось истребление европейского еврейства. Поначалу эти операции осуществляли мобильные расстрельные команды, состоявшие из специальных подразделений (Einsatzgruppen), отрядов немецкой полиции и местных коллаборационистов, находящихся в тесном контакте с германской армией (вермахт). Эти отряды сопровождали армию, официально с целью уничтожения противников режима – в первую очередь, лидеров коммунистической партии. В действительности, уже в первые недели стало очевидно, что эти силы задействованы в массовом уничтожении еврейского мужского населения под предлогом акций, направленных против партизан. В скором времени начались убийства также женщин и детей. По сути, это было систематическое уничтожение еврейских общин Польши, Советского Союза, Югославии, Румынии, Словакии и др.
Убийства совершались следующим образом: сразу же после захвата немцами новой территории местное еврейское население собирали в определённом месте, таком как синагога, тюрьма или кладбище. Далее евреев гнали к заранее приготовленному месту казни - это мог быть естественный овраг, специально выкопанный ров или уже существующие ямы, такие как противотанковые рвы или ямы для хранения топлива. В основном эти места находились рядом с районами проживания евреев. Людей пригоняли пешком или привозили на машинах.
Жертв часто заставляли раздеваться и затем гнали к ямам, где и расстреливали. Даже на последнем отрезке жизненного пути они непрерывно подвергались оскорблениям. Некоторых из них держали на «сборных пунктах» без пищи и воды в течение многих часов. По дороге к месту убийства их зачастую избивали их же соседи, пытавшиеся забрать ценные вещи, которые евреи несли с собой. В местах массовых убийств издевательства над обнаженными мужчинами, женщинами и детьми продолжались. В некоторых случаях несчастных заставляли самих рыть себе могилы. После расстрела многие жертвы умирали мучительной смертью от ран. Некоторые были погребены заживо.
В убийствах принимали активное участие десятки тысяч немецких солдат, а так же коллаборационисты разных национальностей. Многие из них помогали собирать евреев и сгонять их в места массовых убийств. Более того, местные жители и солдаты из различных подразделений нередко прибывали специально, чтобы наблюдать за массовыми расправами, продолжавшимися иногда несколько дней.
Начиная с осени 1943 года, вследствие продвижения линии фронта союзнических войск, немцы предприняли попытку скрыть следы массовых убийств. Узников, в основном евреев, заставляли разрывать могилы и сжигать останки тел. По окончании работы по сокрытию улик, их, в свою очередь, также убивали. В ряде случаев некоторым заключенным удавалось бежать, и их показания свидетельствуют о масштабах убийств и жестокости нацистов.
В число наиболее известных мест массовых убийств, ставших могилами для десятков тысяч людей, входят Девятый форт – крепость около Каунаса, где было убито около 50 000 литовских и немецких евреев; Понары – зона отдыха около Вильнюса, куда было согнано приблизительно 70 000 литовских евреев; Бабий Яр – высохшее русло реки на окраине Киева, где было убито 100 000 человек, в основном евреев, советских военнопленных, а также цыган. Кроме этих мест, широко известных и достойно увековеченных, существует ещё бесчисленное множество мест меньшего масштаба, где были убиты сотни тысяч людей. В целом, в местах массовых расстрелов погибло более 2 миллионов евреев.