(польск.: Вильно). Столица Литвы. До Второй мировой войны Вильнюс был важным центром еврейской учёности и культурной жизни. В период польского правления с 1920-го по 1939-й год население Вильнюса составляло 200 000 человек, в том числе 55 000 евреев. 19 сентября 1939 года советские войска вошли в Литву. Вскоре в Вильнюс из Польши прибыло около 15 000 еврейских беженцев. Несколько недель спустя советская власть передала Вильнюс литовцам. В июле 1940 года Вильнюс, как и вся остальная Литва, отошёл Советскому Союзу. С сентября 1939 по июнь 1941 года 6500 еврейских беженцев уехали из Вильнюса в США, Палестину, на Дальний Восток и т.д.
24 июня 1941 года немцы оккупировали Вильнюс. Несколько дней спустя немецкие и литовские власти начали применять меры, направленные против евреев. 4 июля немцы приказали организовать еврейское самоуправление (Judenrat). За один день, 5 июля 1941 года, 5000 мужчин-евреев были арестованы Einsatzgruppen и литовскими коллаборационистами и расстреляны в Понарском лесу на окраине Вильнюса. В начале сентября были образованы два гетто с двумя органами еврейского самоуправления (Judenrat) и еврейской полицией.
В течение нескольких последующих месяцев тысячи евреев были убиты в Понарах в сериях акций (принудительных депортаций). К концу 1941 года меньшее по размеру гетто было ликвидировано, и 33 500 евреев были убиты. Остальные 3500 человек сбежали или спрятались за пределами гетто.
В течение 1942 года не проводилось никаких крупных акций, и евреи сумели создать в гетто богатую по содержанию общественную жизнь. Они организовали школы и институты социальной помощи, наладили работу системы здравоохранения и культурную жизнь. Юденрат возглавлял Яков Генс, который считал, что немцы не тронут гетто, если оно будет экономически выгодным; поэтому совет гетто обеспечил работой максимально возможное количество евреев. Объединенная Партизанская Организация, ОПО (Fareynegte Partizaner Organizatsye, FPO) так же была основана в течение спокойного 1942 года.
Ситуация в корне изменилась весной 1943 года. Ближайшие небольшие гетто и лагеря ликвидировались, вновь начались массовые убийства. Между ОПО и юденратом возникли серьезные разногласия, так как Генс считал, что подпольные действия ОПО подвергают опасности остальное население гетто. В июле, под угрозой ликвидации всего гетто, немцы потребовали арестовать Ицхака Виттенберга, лидера ОПО. В надежде предотвратить дальнейшее кровопролитие Виттенберг добровольно сдался. Тем не менее, гетто было обречено на уничтожение.
В августе и сентябре 1943 года началась массовая депортация - тысячи мужчин, женщин и детей были отправлены в концлагеря в Эстонию. Во время депортации ОПО призывало население гетто к восстанию, но евреи не откликнулись на призыв. Члены ОПО начали самостоятельно нападать на немцев. Генс, считая, что вооруженный мятеж приведёт к ликвидации гетто, предложил выдать для депортации требуемое количество евреев. Это привело к серьезным разногласиям. 14 сентября сам Генс был расстрелян гестапо.
Окончательная ликвидация вильнюсского гетто произошла 23-24 сентября 1943 года. Более 4000 детей, женщин и стариков были депортированы в Собибор, 3700 евреев отправлены в лагеря на территории Эстонии и Латвии; сотни детей, женщин и стариков были расстреляны в Понарах. Около 2500 евреев остались в трудовых лагерях в Вильнюсе. Примерно 1000 евреев спрятались на территории гетто, но большинство из них было схвачено в течение нескольких последующих месяцев. Несколько сотен человек, членов ОПО, примкнули к партизанам. Восемьдесят евреев немцы держали в Понарском лесу, их заставляли вскрывать массовые захоронения и сжигать трупы, чтобы ликвидировать свидетельства массовых убийств. За десять дней до освобождения Вильнюса евреи из местных трудовых лагерей были расстреляны в Понарах. 150-200 человек сумели спастись.
Вильнюс был освобождён 13 июля 1944 года. Из довоенного еврейского населения города в живых осталось только 2000-3000 человек.