המבקרים במוזיאון ההיסטורי החדש מבקרים לקראת סוף מסלולם בהיכל השמות.

כפי שמציין מנהל היכל השמות - אלכסנדר אברהם, תכלית הבניין לשמר יותר משלושה מיליוני שמות של קרבנות השואה הרשומים כיום בהיכל השמות, ותקוותו היא שיד ושם יצליח לבסוף לאסוף בדפי העד את שמות כל ששת מיליוני קרבנות השואה בצירוף פרטים עליהם. המידע שנאגר בדפי העד עומד לרשות הציבור באמצעות מסופי מחשבים בחדר הסמוך למבנה המרכזי של היכל השמות ובמרכז הלמידה החדש.

ההיכל מורכב משלושה חלקים: מקום לזיכרון והתייחדות, גניזה וחדר חיפוש שמות באמצעות מחשבים. המקום לזיכרון והגניזה הם החלק העיקרי של הבניין.

אזור הזיכרון וההתייחדות המצוי במרכז המבנה הוא לב המבנה. הוא מורכב משני קונוסים הבנויים זה על זה, האחד שקוע בקרקע, ואחר פונה השמיימה. בתוך הקונוס הפונה לשמיים תצלומים של פניהם של קרבנות השואה במסגרת זכוכית על רקע העשוי דפי עד. הקונוס השקוע בקרקע, אורכו עשרה מטרים, הוא מחוספס ועשוי מהסלע שנחשף בחפירה. בין שני הקונוסים הפונים לכיוונים מנוגדים נוצר שטח עגול, ובמרכזו יש רציף מוגבה. כשמהבקרים עומדים על רציף זה, הם יכולים לראות את פני הקרבנות המביטים אליהם מלמעלה כלפי מטה, ומתחת למבקרים נראים האדמה והסלעים שבקרקע.

יש המשווים את המבנה הזה לנר זיכרון שאורו אינו כבה לעולם, ויש הרואים בו באר חפורה עמוק-עמוק בתוך הקרקע שממנה מהדהדות זעקות הקרבנות שפניהם משתקפים ממנו. דבר אחד בטוח: מקום זה מפרה את דמיונו של המבקר ומעורר בו הרהורים.

מסביב לשטח שבו נפגשים שני הקונוסים יש שטח עגול שבו נמצאת הגניזה, ובה משומרים דפי העד המקוריים. למבקרים אין גישה לשטח זה, אך הם יכולים לראותו מן הרציף. בחדר הסמוך יכולים המבקרים לחפש שמות. אפשר לראות בגניזה בית עלמין סמלי של הקרבנות שלא זכו לקבר ישראל ולמצבה. כאן יירשמו בדיו שם הנפטר, מקום ותאריך לידתו ומותו, פרטים שבדרך המסורת נחקקים על גבי מצבות השיש, וכך תושלם מלאכת הקודש של הבטחת קבורה - ולו רק קבורה סמלית בהיכל השמות - לכל ששת מיליוני קרבנות השואה היהודיים.